La historia de Aguaruto es muy remota y no existen datos exactos sobre su origen y fundación. Lo cierto, es que cuando los primeros españoles llegaron a estos valles, Aguaruto y Culiacancito, ya habían estado poblados desde hacían muchos años.

Se ha establecido como fecha probable de inicio de la ocupación de Aguaruto, el año 1300, cuando los indígenas que se habían aposentado en Culiacancito, cruzaron el Río Culiacán en su viaje hacia el centro de México. Esta sindicatura está comunicada con la Ciudad de Culiacán, por medio de la autopista Culiacán– Navolato. Además la carretera costera, Culiacán–Las Brizas, cruza parte de la sindicatura.

Con el desarrollo de las comunicaciones, su crecimiento se vio alterado, ya que el poblado antiguo, se desarrolló alrededor del Templo de San Bartolomé y a orillas del Camino Real al tenderse la vía del Ferrocarril Occidental de México en 1895 que comunicaba Culiacán con el Puerto de Altata,creciendo el pueblo desde lo que es la Plazuela Benito Juárez y la Ave. López Mateos.